MaisteriohjelmatCBU tarjoaa mahdolisuuden opiskella laadukkaissa kansainvälisissä maisteriohjelmissa, jotka on kehitetty CBU jäsenyliopistojen yhteistyönä. Opintojen laajuus on kaksi vuotta (120 ECTS opintopistettä). CBU koulutusohjelmat täyttävät Bolognan prosessin asettamat vaatimukset. CBU maisteriohjelmat ovat:
Maisteriohjelmiin hakijoilta vaaditaan kandidaatin tutkinto ja hyvä akateemisen englannin hallinta. Opiskelija valinta tehdään aiemman opintomenestyksen ja opiskelumotivaation perusteella.
Vuosien 2009-2010 aikana CBU kehittää tohtoriohjelmia, joilla on yhteinen rakenne ja jotka tunnustetaan CBU:n jäsenyliopistoissa. Opintojen sisältö tulee koostumaan pääaineesta ja tutkimusmetodologian opiskelusta, kansainvälistymis- ja liikkuvuusjaksosta Suomessa/ Venäjällä sekä työelämäyhteistyöstä yksityisellä tai julkisella puolella
CBU:n tohtoriohjelmat kehitetään läheisessä yhteistyössä työelämän kanssa opintojen relevanssin takaamiseksi ja edistämään valmistuvien tohtorien työllistymistä.